萨摩藩和长州藩的恩怨是由来已久,主要原因在于日本历史上有两个时期(幕末到明治维新),当时西方列强对亚洲殖民地的争夺激烈,为了对抗西方国家,长州藩和萨摩藩分别组建了“倒幕军”和“讨幕军”。这两支军队不仅打击了西方列强在东亚的势力,还使得幕府的统治土崩瓦解,可以说是功勋卓著。但是,在明治维新后,长州藩脱离幕府,改革派成立新政府;而萨摩藩则效忠天皇,成为倒幕运动中的反对派,两者从此结下仇恨。
其实没什么好比较的,都是武士阶层发展起来的。两边各有优劣吧。